Et team af videnskabsmænd, der arbejder på at rejse en sunket russisk atomubåd på en havplatform ud for Miamis kyst, Florida, afgraver et gammelt atlantisk levn fra havbunden og henter en ekspert til at finde ud af det. Men mens man forsøger at hæve ubåden, udløser radioaktiv lækage fra dens missler Atlantis' genopståen, og den resulterende flodbølge ødelægger platformen og efterlader kun en lille gruppe overlevende. Reddet af to Vietnamvetere, der er blevet tunge, og som er ude og slappe af efter deres seneste job, støder deres båd til sidst på grund på en caribisk ø i nærheden, hvor det, når de går i land, opdages, at alt er blevet ødelagt og alle dræbt. De skyldige, en ond gruppe af velbevæbnede raiders, og deres leder, Crystal Skull, er efterkommere af Atlantis' oprindelige race, der gik i gang med at generobre verden og tilføje de overlevende til listen over ofre, mens de kæmper for at holde sig i live og besejre raiders og sende Atlantis tilbage til havbunden.
