An Bord von Modul 77 der JIOR-Sphäre 01 verliert Haruto Tokishima einen Esswettbewerb gegen Shōko Sashinami wegen der Nutzung ihres Schulgeländes, während fünf Undercover-Agenten aus Dorssian ohne ihr Wissen die Sakimori High School infiltrieren. Einige Zeit später, als die Agenten die Schule nach einem Ziel auskundschaften, hat einer von ihnen eine kurze Auseinandersetzung mit Haruto über ihre unterschiedlichen Weltanschauungen. Danach infiltrieren und töten die dorssischen Agenten die Wissenschaftler in einem verdeckten Labor unter der Schule, obwohl ein verwundeter Wissenschaftler ihr Hauptziel, einen riesigen Mecha namens Valvrave 01, an die Oberfläche der Schule schleudert.