Jiraya fait soudainement son apparition et prend part au combat contre Kisame et Itachi. Mais Sasuke refuse de laisser Jiraya se mêler de son combat contre Itachi. Il continue de se battre mais hélas, le pauvre Sasuke ne fait pas le poids face à son grand frère. Il se demande alors pourquoi il a passé ses années à Konoha à s'entraîner sans relâche puisqu'il ne fait aucun progrès. Sasuke subit ensuite la technique d'Itachi : « Les arcanes lunaires » remontrant l'extermination du clan par son frère. Sasuke se retrouve alors sans connaissance et les côtes cassés. Jiraya décide donc de partir à la recherche de Tsunade en compagnie de Naruto afin de lui demander de devenir le 5ème Hokage du village de Konoha.