La situation devient de plus en plus difficile au Pays des Merveilles, et les tensions augmentent. Alice et Will aident le Lapin Blanc à retrouver sa famille, avant de partir pour la cachette secrète d'Alice et de Cyrus, dans l'espoir d'y retrouver ce dernier. Le génie, lui, est capturé par la Reine Rouge, qui décide de le mener à Alice dans l'espoir d'échapper à Jafar. Ce dernier a découvert que la Reine l'a doublé, et décide de lui régler son compte... définitivement.