코난은 겐타, 미츠히코, 아유미, 하이바라가 축구 연습을 하기 위해서 아가사 박사의 지인의 집터에 가던 중에 목적지인 집터에서 경찰이 수사를 하고 있음을 발견한다. 부지 내 수영장에서 남자의 시신이 발견됐으며 둔기에 의한 후두부의 타박이 치명상인데 부지에 들어가는 출입구 문을 잠근 것은 먼저 온 아가사 박사였다. 집터 부지는 벽돌담으로 둘러싸이고 담장 위에는 유리 파편과 철책. 마지막으로 문을 열린 것은 3일 전이지만, 피해자의 사망 추정 시각은 어젯밤의 날짜가 바뀌기 전이며 사건은 공터라는 지붕 없는 밀실에서 일어나고 있었다. 소년 탐정단은 밀실의 수수께끼에 도전하는데...