코고로는 카라하시 그룹의 전담변호인 키미히코씨로부터 총수 고타로의 유언장이 금고에서 도난당했다는 의뢰를 받고 수사에 나선다. 한편, 코난은 소년탐정단과 함께 신작 게임을 사러 가던 중 문고리가 강제로 파손된 수상한 현장을 목격하고, 아이들을 먼저 보내고 사건을 조사하다가 누군가에 의해 발각되어 모처에 감금되고 만다. 코고로는 키미히코씨와 함께 고타로의 장례식을 준비하던 그의 자녀 코조, 미츠요, 에이스케를 찾아가 알리바이를 묻지만, 서로 달갑지 않은 관계라는 점과 아침에 서로 전화 연락을 주고 받았다는 사실만 확인한다. 그 시각, 하이바라는 소년탐정단의 연락을 받고 묘연해진 코난의 행방을 찾기 시작하고 코난은 자신이 감금된 곳이 운구차임을 알게 되는데...