Fallout volgt drie personen die ziektes ervaren na blootstelling aan milieuverontreiniging door een nabijgelegen munitiefabriek van het Amerikaanse leger. De faciliteit is de grootste vervuiler in Virginia en stoot jaarlijks miljoenen kilo's giftige verontreinigende stoffen uit in de lucht, de bodem en het water. Fallout onderzoekt hoe het Amerikaanse leger, in samenwerking met de particuliere industrie, de cyclus van uitbuiting en milieuvervuiling in stand houdt die de Appalachen al tientallen jaren teistert. De film bevat zowel digitaal beeldmateriaal als meer dan 300 meter aan 16 mm-film die is verwerkt met verontreinigingen uit de faciliteit.