Baseada na multi premiada novel de Eto Mori, a história de Colorful desenrola-se em volta de um espírito referido como "boku" (eu) que morreu recentemente. "Parabéns, ganhaste a lotaria" diz-lhe um anjo. Para aprender com os seus erros e ter uma segunda oportunidade, o espírito é colocado no corpo de Makoto, um rapaz de 14 anos que cometeu recentemente suicídio. À primeira vista a sua vida parecia fácil, mas rapidamente se apercebe porque é que Makoto optou pelo suicídio. Ele tem agora de lidar com vários problemas e começa a reflectir sobre o verdadeiro significado daquele desafio.