Nils Holgersson bor med sina föräldrar på en bondgård. Han retas alltid med de andra barnen och är stygg mot djuren på gården. En dag upptäcker han en liten tomte. Han fångar honom, men tomten besitter magiska krafter och i ett huj har han förvandlat Nils till en jätteliten varelse. Han blir så liten att han ryms i en vuxen mans hand och nu kan djuren lätt hämnas på sin plågoande. Nils blir otroligt rädd men lyckas fly med hjälp av en gås.